MelanoBase

Kurzbeschrieb

Das Hauptziel des MelanoBase-Projekts ist eine weiträumige Extraktion von Informationen aus der biomedizinischen Fachliteratur, und deren Integration in bestehende strukturierte Datenbanken.

Projektbeschrieb

Die Innovation dieser Strategie besteht darin, dass die Resultate sowohl Laien wie Forschern so zugänglich gemacht werden, dass sie leicht durchsucht und maschinell verarbeitet werden können. Dies mit dem Ziel, die Effizienz der Forschung in der Biologie zu steigern. Der Anwendungsfall des Melanoms wurde ausgesucht aufgrund seiner histopathologischen Komplexität, und weil es nötig ist, die eigentlichen Triebkräfte dieser Krankheit von der Vielzahl (epi)genetischer, bedeutungsloser Nebenprodukte, die bei der Melanomgenese entstehen, zu unterscheiden. Das Projekt wählt einen Ansatz, der sich auf der breiten Fachliteratur abstützt, und auf die Krankheit fokussiert. Dieser hebt es von vergleichbaren Projekten weltweit ab. Weiterhin wird durch enge Zusammenarbeit mit Fachexperten die Validierung von Beispielen optimiert.

Conceptual index of the biomedical scientific literature with named entities, relations, and pointers to textual evidence
Die Vision von MelanoBase: ein abstrakter Index der gesamten Fachliteratur mit Verweisen auf Entitäten (beispielsweise Krankheiten, Gene & Proteine, Wirkstoffe), Beziehungen zwischen jenen sowie auf Textstellen, in welchen diese beschrieben werden.

 

Ziele

  • das gesammelte Wissen über Melanome, mit besonderem Fokus auf schwer zu diagnosierende Läsionen und Mechanismen der Resistenz auf klinisch zugelassene Behandlungen und Wirkstoffe in der Testphase einbinden
  • unstrukturiertes Wissen in der Fachliteratur in eine strukturierte Datenbank überführen
  • zusätzliche Quellen wie klinische Studien, systematische reviews (Cochrane) und Informationen zu verschreibungspflichtigen Medikamenten einschließen
  • letztendlich Entdeckung von Genen und Validierung neuer Medikamente im Bereich von Melanomen zu beschleunigen

Personal

Funding

Das Projekt wird durch den Schweizerischen Nationalfonds zur Förderung der wissenschaftlichen Forschung (SNF) finanziert und läuft von 2016 bis 2019.